(1)水中PH值可改变水中物质的存在形式。
若水的PH值下降，则水中弱酸电离减少，水中的阴离子程度不同的转化成分子形式存在，浓度下降，因而这些阴离子的络合物及沉淀物也相继分解或溶解，使游离态的离子浓度变大。
相反，若水中的PH升高，则水中弱碱电离减少，能转化成分子形式存在，弱酸电离增大，改以酸根阴离子存在，金属离子水解加剧，常形成氢氧化物、碳酸盐的沉淀或胶体，使水中游离态浓度下降。有些物质在化学形式改变时，对生物的影响也随之改变。
PH的改变还可直接危害水生生物。例如：酸性水可使鱼的血液PH值下降，削弱血红蛋白的载氧能力。使血中的氧分压变小，造成缺氧症。碱性过强的水则腐蚀鱼的鳃组织。
(2)浮游植物对营养物质的吸收利用也受到PH制的影响。
pH值直接影响水质中微生物的繁殖。pH值不适，过酸或过碱，都会破坏水体生产的重要物质基础，影响磷酸盐和无机氧化物的供应。在酸性水体中，磷酸盐溶解受到影响，进而影响整个水体的物质代谢过程，影响鱼虾的生长。
低PH值会抑制硝酸盐还原酶的活性，可能导致植物缺氮;高PH值则妨碍藻类对铁、碳的利用。PH值降至6以下时，会使一些大型枝角生物无法生存，许多有益微生物的活动也受阻抑，且固氮活性下降，有机物分解矿化速率降低，物质循环速率降低，能量转化效率降低。
在养殖过程中，如果pH值过高或过低，都对鱼类的生长和浮游生物的繁殖不利，还会导致由原生动物引起的鱼病大量发生。当pH值在5-6.5之间，极易导致甲藻大量繁殖;当pH值大于8.5时，蓝藻会大量生长，恶化水质。
因此，养殖水体中要定期使用微生态制剂及生物鱼肥来调节水体中的菌相和藻相，使pH值在一定范围内，减少疾病发生，促进鱼类快速生长。
