在生活中水的应用非常广泛，而现在水质的问题日趋严重。想要了解水质变化的具体情况，检测水中微生物是一种比较直观的方法，因为水污染产生的大量有机物质能培养处各种微生物。
另外生活中如果无法对水中微生物进行有效检测，就会造成一些健康问题。尤其是一些食品行业，水中微生物的来源有很多种，其中主要来源于人或动物粪便污染的水体，从而引起可能导致肠道传染病的传播，造成更大的健康隐患，另外水体中微生物过多是也会造成藻类大量生长，造成水中氧气量不足,导致鱼虾因缺氧死亡。因此要定时的对水中微生物进行检测。
水质常规微生物指标要求：
| 微生物检测指标 | 限值 | |
| 总大肠菌群（MPN/100mL或CFU/100mL） | 不得检出 | |
| 耐热大肠菌群（MPN/100mL或CFU/100mL） | 不得检出 | |
| 大肠埃希氏菌（MPN/100mL或CFU/100mL） | 不得检出 | |
| 菌落总数（CFU/mL） | 100 | |
| 隐孢子虫/(个/10L) | <1 | |
检测水中的微生物首先要进行取样，这样才能获得水体的一些基础数据，采样的时候要提前根据检测目的和任务指定计划，具体的取样方法包括采样目的、检验指标、采样时间、采样地点、采样方法、采样频率、采样数量、采样容器与清洗等。
采样前应先用水样荡洗采集器、容器2-3次，如果是在同一个水源采集几类检测指标水样时，应先采集供微生物测试的水样，直接采集时不得用水样刷洗已灭菌的采样瓶，而且不得用手指和其他物品对瓶口的污染，另外采样时不能搅动底层的沉积物。水中微生物的采样体积一般不超过5L,水样的保存时间及方法要符合相关要求。
目前检测水质微生物的主要方法可分为多管发酵法和酶底物法这两种，多管发酵法是使用相应的培养液在36摄氏度的环境中，对采集样品进行初步发酵实验，接着进行平板分离和复发酵实验得到最终的结果。而酶底物法是利用微生物所产生的β2酶分解产生的物质，使培养液所呈现的颜色来确定水中是否含有相应的微生物。
其中多管发酵法的优势在于没有杂菌污染，微生物检测结果相对准确，而酶底物法的优势在于操作简单，对于环境要求不高，检测范围相对较广以及时间短等优势。
