针对海南农村饮水安全工程水质监测（检测）率较低的现状，有相关人员建议建立省中心与市县中心二级农村饮水水质监测体系，及时公布各级水质监测中心的水质检测数据，并将水质检测管理成果报送省委省政府，确保人民群众喝上放心水、干净水。
据介绍，虽然省水务部门与卫生部门协调配合，每年定期开展农村饮水水质化验监测（检测）工作，然而由于农村饮水安全检测能力不足，部分工程建成后基本未开展过水质监测（检测），达不到《生活饮用水卫生标准》（GB5749-2006）中38项水质常规指标和4项饮用水中消毒剂常规指标的检测要求，农村饮水安全工程水质监测（检测）率较低。
建立省中心与市县中心二级农村饮水水质监测体系，其中，海南省水环境监测中心作为省中心；各市县疾病预防控制中心或取得国家计量认证42项参数的化验室合作成立市县农村饮水安全工程水质监测中心作为市县中心；每年对已建成农村安全饮水工程5939处进行一次或二次的检测，对106处日供水能力达1000立方米集中式供水工程每月进行一次检测。
在运行管理机制方面，建议加强运行管理主体责任建设，由省水行政主管部门全面负责，省中心作为水质检测业务指导部门，逐级开展各市县农村饮水水质检测管理机制。省级财政通过拨款或购买服务的模式确保省中心的运行管理，市县级财政通过拨款或购买服务的模式确保市县中心的运行管理。各市县中心按时将水质检测成果提交市县水行政主管部门和省中心，省中心将全省水质数据汇总分析，提交给省水行政主管部门进行监督管理，省水行政主管部门对长期出现不符合安全的农村水厂、供水点做出整改意见，并落实整改措施。
