针对不同的养殖模式，我们需要采取不同的水质管理办法，虽然很多基础理论和方法是相通的，但是管理的侧重点却不尽相同，我们暂且按着是否需要人工增氧作为标准来划分一下养殖模式：
一是不需要人工增氧、就依靠光合作用和空气溶解作用来提供氧气的养殖模式，比如淡水大水面增养殖模式，海水池塘滩涂养殖贝类、海蜇、海参等模式。
二是兼顾自然增氧和机械增氧的池塘、网箱、流水养殖模式。
三是以机械增氧为主要溶解氧来源的高密度工厂化养殖模式。
在这三种养殖模式中，第一种水质管理的重点是充分利用水体自身的物质循环和来自光合作用的能量供给，努力提高初级生产力，搞好各种生产力之间的平衡，合理搭配不同营养级的养殖生物，充分利用好自然资源，既充分发挥浮游植物的功能，配合有益微生物提高营养盐的转化效率，通过补充容易缺失的营养盐，来保持水体稳定，提高初级生产力，进而提高次级产量。
第二种养殖模式水质管理的侧重点是在保证充分利用初级生产力的基础上，充分发挥好机械增氧的作用，提高对水体能量的输入，在依靠投入饲料来增加产量的基础上，处理好由于投入饲料带来的氮源的处理压力，充分发挥有益微生物的同化和异化能力，来确保水质污染得以净化，通过高效的水质净化能力，来保持水体稳定，养殖生物健康高产。
第三种养殖模式，在水质管理上由于缺乏初级生产力的参与，重点加强机械增氧能力，通过高效的排污或者充分发挥微生物的转化能力，把高密度养殖带来的污染物转化分解压力承担下来，简单总结起来就是低产养藻、高产养菌，分别满足饵料、增氧、净化的不同需求。
