细菌总数是指1mL水样在营养琼脂培养基中，经37℃、24h培养后所生长的菌落数。计量单位一般是每mL水中所含有的总菌数。水中的细菌总数往往同水体受到有机物污染的程度有关，是评价水质污染程度和对人体可能造成伤害的重要指标之一。
细菌总数的分析方法采用标准平皿法对水样中的细菌记数，这是一种测定水中好氧和兼性厌氧的异养菌密度的方法。但由于没有任何一种营养基或任一环境条件能满足一个水样中所有细菌的生理要求，而且水中细菌能以单独个体、成对、链状、成簇或成团的形式存在，所以测得的菌落数实际上要低于被测水样中真正存活的细菌数目。
用无菌操作法吸取1mL水样或2～3个适宜稀释倍数的稀释水样，注入灭菌平皿中，再倾注15mL营养琼脂培养基并与水样充分混匀，每个水样做两个平行样，另外每次检验还要做只倾注营养琼脂培养基的空白对照。
培养之后，应立即进行平皿菌落计数。如果计数必须暂缓进行，可将平皿存放于5～10℃的环境下，但不能超过24h，而且也不可以将这种做法当作常规的操作方式。
对平皿菌落计数时，可用肉眼观察，为防止遗漏，必要时应用放大镜检查。对那些看来相似、距离相近但并不相触的菌落，只要其距离小于最小菌落的直径，就应当分别予以计数。对那些紧密接触但外观(形态或颜色)有差异的菌落也要分别予以计数。
在求同一稀释度的平均菌落数时，如果其中一个平皿有较大片状菌落生长时，则不宜采用，而应以无片状菌落生长的平皿作为该稀释度的菌落数。如果片状菌落不到平皿的一半、而其余部分菌落的分布又很均匀时，则可以将生长均匀的1/2平皿菌落计数后乘以2代表全皿菌落数。
细菌总数的测定结果是以每个平皿菌落总数或同一稀释度平行实验平皿的平均菌落数乘以稀释倍数。当最终结果在100以内时按实际菌落数记录结果;大于100时，采用两位有效数字，用10的指数来表示，如果菌落数无法计数，在报告结果时要注明稀释倍数。
